Wszczęcie kontroli podatkowej następuje zaraz po doręczeniu kontrolowanemu upoważnienia do jej przeprowadzenia oraz okazanie legitymacji służbowej przez kontrolujących . Kontrolujący obowiązani są również udzielać kontrolowanemu wszystkich informacji dotyczących prawa podatkowego w związku z przedmiotem kontrolnym.

Czynności związane z kontrolą muszą zostać prowadzone w obecności kontrolowanego lub osoby, którą on wskazał albo w obecności przywołanego świadka ( jeden z pracowników kontrolowanego lub funkcjonariusz publiczny).

Kontrolowany ma obowiązek udostępnić wszystkie dokumenty kontrolne w swojej siedzibie lub miejscu ich prowadzenia albo przetrzymywania. Musi on również umożliwić kontrolującym filmowanie, fotografowanie i nagrywanie. Jeżeli zajdzie potrzeba musi przedstawić on polskie tłumaczenia dokumentów podlegających kontroli sporządzonych w innym języku (na swój koszt).

Kontrolowany, który nie zgadza się z przedstawionymi wynikami pokontrolnym ma prawo do 14 dni od ich doręczenia przedstawić swoje wyjaśnienia albo zastrzeżenia pokazując inne wnioski dowodowe.