Naczelnik właściwego Urzędu Skarbowego to podstawowy organ podatkowy. Wyróżniamy jednak kilka rodzajów organów w zależności od zobowiązań podatkowych.

Rodzaje organów podatkowych:
- naczelnik Urzędu Skarbowego, naczelnik Urzędu Celnego, wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta albo marszałek województwa,
- dyrektor Izby Skarbowej, dyrektor Izby Celnej,
- samorządowe kolegium odwoławcze – jako organ odwoławczy od decyzji wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starosty albo marszałka województwa.

Minister właściwy do spraw finansów publicznych jest organem podatkowym – jako:
- organ pierwszej instancji w sprawach stwierdzenia nieważności decyzji, wznowienia postępowania, zmiany lub uchylenia decyzji lub stwierdzenia jej wygaśnięcia – z urzędu,
- organ odwoławczy od decyzji wydanych w sprawach, o których mowa w pkt. 1,
- organ właściwy w sprawach porozumień dotyczących ustalenia cen transakcyjnych,
- organ właściwy w sprawach interpretacji postanowień umów o unikaniu podwójnego opodatkowania oraz innych ratyfikowanych umów międzynarodowych dotyczących problematyki podatkowej,
- organ właściwy w sprawach informacji przekazywanych przez banki i spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe o założonych i zlikwidowanych rachunkach bankowych związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej.

Organami podatkowymi wyższego stopnia są organy odwoławcze.